Nghiên cứu xác định các SNP có liên quan nguy cơ ung thư vú ở người Việt Nam - NCS. Nguyễn Thị Ngọc Thanh

Tên đề tài luận án: Nghiên cứu xác định các SNP có liên quan nguy cơ ung thư vú ở người Việt Nam
Ngành: Di truyền học
Mã số ngành: 62420121
Họ tên nghiên cứu sinh: Nguyễn Thị Ngọc Thanh
Khóa đào tạo: K26/2016
Người hướng dẫn khoa học: PGS. TS. Nguyễn Thị Huệ
Cơ sở đào tạo: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG.HCM 
1. Tóm tắt luận án 
Nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định mối liên quan của SNP với nguy cơ UTV nhằm cung cấp thông tin về chỉ thị tiềm năng trong hỗ trợ dự đoán sớm nguy cơ mắc bệnh ở phụ nữ Việt Nam. Để thực hiện mục tiêu đề tài trên, nghiên cứu bệnh – chứng được thực hiện với nhóm bệnh gồm 300 bệnh nhân UTV và nhóm chứng gồm 300 người không mắc ung thư. 50 SNP trong nghiên cứu này được chọn dựa trên tiêu chí về tần số trong quần thể và mức độ liên quan UTV nhằm đạt độ tin cậy của phân tích từ 80% trở lên ở cỡ mẫu 300 bệnh và 300 chứng. Từng SNP được xây dựng phương pháp xác định kiểu gen bằng phương pháp HRM, 2 SNP được xác định bằng phương pháp TAPMA, và 1 SNP được xác định bằng phương pháp Tetra-Arms-PCR. Cuối cùng, nghiên cứu này tập trung phân tích mối liên quan của từng SNP và các SNP Haplotype này với nguy cơ UTV ở người Việt Nam bằng các kiểm định thống kê đặc trưng cho nghiên cứu mối liên quan.
Đề tài đã đạt được các kết quả chính như sau:
- Xây dựng thành công phương pháp xác định kiểu gen ổn định và đặc hiệu cho 50 SNP, trong đó 47 SNP sử dụng phương pháp HRM, 2 SNP sử dụng phương pháp TAPMA, và 1 SNP sử dụng phương pháp Tetra-Arms-PCR. Với nồng độ DNA 20ng – 100ng trong một phản ứng, phương pháp xác định kiểu gen của 45 SNP có độ nhạy trên 90%.
- Trong 50 SNP mục tiêu, nghiên cứu đã xác định được 7 SNP (rs2155209, rs4784227, rs2605039, rs2981582, rs3817198, rs11614913, rs12325489) liên quan chặt chẽ với nguy cơ mắc UTV ở người Việt Nam
- Xác định được 6 SNP Haplotype có liên quan với nguy cơ UTV ở người Việt Nam gồm:
• MRE11A-rs2155209-T / TOX3-rs4784227-C / HSPD1-rs2605039-A / FGFR2-rs2981582-C / LSP1-rs3817198-T / miR-196A2- rs11614913-T / miR-370-rs12325489-T
• LINC-PINT-rs2048672-C / IGFBP3-rs2854744-A
• FGFR2-rs1219648-A / FGFR2-rs2981582-T / miR-608-rs4919510-C / ZMIZ1-rs704010-C / IL2RA-rs7072793-C
• ERCC5-rs2094258-A / miR-17HG-rs4284505-A / ERCC5-rs751402-C
• ERCC5-rs2094258-G / miR-17HG-rs4284505-G / ERCC5-rs751402-T
• miR-370-rs12325489-C / TOX3-rs12443621-G / TOX3-rs12922061-C / IL-27-rs153109-A / PALB2-rs249954-T / TOX3-rs3803662-A / TOX3-rs4784227-T / TOX3-rs8051542-C 
2. Những kết quả mới của luận án 
- Xác định được 7 SNP đơn lẻ liên quan nguy cơ UTV ở người Việt Nam
- Xác định được 6 Haplotype liên quan nguy cơ UTV ở người Việt Nam
- Các SNP này có thể được sử dụng để xây dựng một bộ SNP đặc trưng cho người Việt Nam, hướng đến sử dụng trong hỗ trợ dự đoán nguy cơ UTV trong tương lai
3. Các ứng dụng/ khả năng ứng dụng trong thực tiễn hay những vấn đề còn bỏ ngỏ cần tiếp tục nghiên cứu
Với kết quả mối liên quan đã đạt được trong đề tài này, nếu được tiếp tục triển khai khẳng định lại ở cỡ mẫu lớn hơn với số lượng mẫu của mỗi loại UTV đồng đều hơn, bộ SNP trong nghiên cứu này có thể được phát triển thành bộ chỉ thị phân tử áp dụng trong hỗ trợ dự đoán và tiên lượng UTV cho phụ nữ Việt Nam.